Profesorius Benediktas Juodka 1949–1960 m. mokėsi Gargždų vidurinėje mokykloje. 1965 m. Maskvos Lomonosovo universiteto Chemijos fakultete baigė chemijos studijas. 1968 m. šiame universitete apgynė mokslų kandidato disertaciją, grįžo dirbti į Lietuvą. 1968–1969 m. – Vilniaus universiteto (VU) Biochemijos, biofizikos ir genetikos katedros asistentas, 1969–1971 m. – vyr. dėstytojas. 1971–2002 m. – VU Biochemijos ir biofizikos katedros vedėjas. 1973 m. du mėnesius stažavosi Čekoslovakijos mokslų akademijos Organinės chemijos ir biochemijos institute, 1974–1975 m. dešimt mėnesių stažavosi Šiaurės vakarų ir Ilinojaus universitetuose (JAV). 1981 m. apgynė chemijos mokslų daktaro disertaciją. Nuo 1982 m. – Vilniaus universiteto profesorius. 1985 m. ir 1987 m. – vizituojantis profesorius Debreceno universitete (Vengrija); 1989 m., 1992 m., 1995 m. ir 1997 m. – vizituojantis profesorius Frankfurto universitete (Vokietija). 1991 m. (6 mėn.), 1993 m. (2 mėn.), 1995 m. (2 mėn.), 1997 (3 mėn.), 2000 m. (3 mėn.) dirbo mokslinį darbą Vokietijos vėžio tyrimų centre Heidelberge (Vokietija). 1991–2001 m. – VU mokslo reikalų prorektorius, 2001–2002 m. laikinai ėjo VU rektoriaus pareigas, 2002–2012 m. – VU rektorius, 1992–2003 m. – Lietuvos mokslų akademijos (LMA) prezidentas. Būdamas LMA prezidentu ir VU vadovu, reprezentavo Lietuvos mokslą ir studijas. B. Juodkai vadovaujant Vilniaus universitetui kartu su Vilniaus miesto savivaldybe, VGTU ir keliomis privačiomis aukštųjų technologijų bendrovėmis buvo įkurta VĮ „Saulėtekio slėnis“, kurios tikslas – suartinti mokslą, studijas ir verslą.

Profesorius B. Juodka skaitė paskaitas ir dalyvavo tarptautinėse konferencijose Austrijos, Belgijos, Danijos, Estijos, Čekijos, Čilės, Ispanijos, Italijos, Japonijos, JAV, Kuveito, Latvijos, Lenkijos, Prancūzijos, Suomijos, Švedijos, Vengrijos, Vokietijos ir kitų šalių universitetuose bei mokslo centruose. Parengti ir skaitomi arba skaityti šie teoriniai kursai: bioorganinė chemija, biochemija, molekulinė biologija, nukleorūgščių chemija ir biochemija.

Profesorius B. Juodka 1987 m. išrinktas LMA nariu korespondentu, 1990 m. tapo tikruoju LMA nariu. Nuo 1994 m. yra Latvijos mokslų akademijos užsienio narys. 1994 m. – Europos mokslų ir menų akademijos narys (Zalcburgas). 1999–2001 m. – Pasaulio mokslo ir technologijų etikos komiteto vicepirmininkas. 2002 m. – Europos menų, gamtos ir humanitarinių mokslų akademijos (Paryžius) tituluotas narys; 2002 m. – Italijos mokslų akademijos užsienio narys.

Už pasiekimus plėtojant mokslą bei sėkmingą administracinę veiklą akademikas B. Juodka buvo apdovanotas LSSR valstybine premija (1985), Lietuvos mokslo premija (2002), LDK Gedimino ordino Karininko kryžiumi (1999), Teodoro Grotuso (Theodor von Grotthuss) premija (2000), ordino „Už nuopelnus“ Komandoro kryžiumi (Prancūzija, 2001), ordino „Už nuopelnus“ Komandoro kryžiumi (Lenkija, 2001), Trijų žvaigždžių ordinu (Latvija, 2001), Marijos žemės kryžiaus 4-ojo laipsnio ordinu (Estija, 2004), Belgijos Karalystės Komandoro ordinu (2006), Nyderlandų Komandoro ordinu (2008). 2020 m. akad. B. Juodka apdovanotas Lietuvos mokslų akademijos atminimo medaliu.

2012–2016 m. buvo Lietuvos Respublikos Seimo narys. 2017–2019 m. – Lietuvos darbdavių konfederacijos prezidentas.

Akad. B. Juodkos mokslinių tyrimų pagrindinės kryptys – nukleorūgščių ir baltymų kompleksų sandara ir funkcijos, jų paprasčiausių modelių sintezė, nukleorūgščių apykaitos fermentai, fotodinaminės onkoterapijos biocheminiai aspektai. Akademikas sukūrė nukleorūgščių ir baltymų kovalentinių kompleksų modelių sintezės metodų, ištyrė jų savybes ir pritaikymą molekulinėje biologijoje.

LMA Biologijos, medicinos ir geomokslų skyrius